Innanlandsflug hefur fallið undir evrópskt kerfi með losunarheimildir frá upphafi þvert á það starfshópur innviðaráðuneytis um strandsiglingar fullyrti. Ekki er heldur nein heimild til þess að fella niður skuldbindingar vegna kerfisins á strandsiglingar eins og ráðherra hefur boðað.